一、财政转移支付资金存在的主要问题
1、法规制度和文件依据不健全。主要表现在：一是转移支付资金未编入法定预算，预算管理不完整。 由于下级地方政府在年初编制财政预算时无法全面掌握上级政府转移支付资金的规模和种类，导致预算编制不完整。当上级补助下达后，有的地方因年初预算未反映上级专项补助，在决算报告中也不反映这项资金，致使决算编报不真实。二是监督检查依据不健全。如一些地方政府用一般转移支付资金搞“政绩工程”，转移支付资金投资效益差的问题较为突出，而与此相对应的监督办法相对滞后，审计监督还存在制度盲区。
2、转移支付资金在途时间较长。转移资金支付的方式是通过各级财政层层拨付，由于资金在途时间长，使得转移支付资金在各级政府间被长时间停留和占用，有的资金在途时间长达3个多月，直接影响资金使用效益。
3、挪用转移支付资金现象时有发生。 如有的地方财政在接到上级财政下达转移支付资金后，用于平衡财政预算，有的一些靠财政转移支付和税收返还生存的贫困乡镇政府，用转移支付资金偿还历年欠债等。
4、转移支付资金缺少检查监督和管理。一是有些地方主管部门忽视这项资金管理，对事先申请转移支付资金的项目评估失误，论证不足，审批不严；有的转移支付资金拨付到位后未坚持专款专用，专人管理，专户核算，使有限的资金未能发挥应有的效益，二是财政部门对这项资金的检查监督力度不够，对转移支付资金的事前、事中、事后工作缺乏检查监督。
二、审计的主要方法
1、查清转移支付的规模和种类，促使预算编报完整。审计时，要全面查清上级补助地方支出的规模种类，与地方支出预算的变动情况和预决算的报告情况对比，提出可行建议和办法，使下级财政编报预算和决算的完整。
2、查清审计项目支出的去向，促使项目设置更加合理。审计时，要重点延伸项目支出，看其项目是否适当，有无虚假立项和对立项论证不足、论证失误等导致项目效益低下等问题，审查资金去向是否合理、用途是否正确、效益是否明显。
3、检查资金的使用效益情况，促使资金使用进一步合规。一是要检查是否按规定的时间落实到项目单位，是否存滞留和挤占挪用的问题；二是要检查用款单位是否按申报和用途使用专项资金，是否做到专款用、专户核算，是否存在虚报骗取项目资金的问题；三是要检查项目资金使用效益情况，重点揭露因管理不善、决策失误造成损失浪费的问题以及查处贪污挪用等重大违法违纪的问题。
