专业审计软件市场不够完善由于审计软件开发周期长，使用周期短，市场容量狭窄，需求具有不确定性，致使审计软件的开发难度远远大于财务软件，软件公司热衷于利润高、难度小、维护少的财务软件，而不涉及审计软件。另一方面，我国财务软件基本上是自行开发、独立一套系统，通常不会留出数据通道，这也给审计软件的开发造成难题。整个软件市场缺乏高质量的通用软件来配合通用会计软件的使用，审计人员在审计时不得不停留在绕过计算机审计阶段。
审计人员计算机知识缺乏虽然计算机技术不能代替专业人员审计，但专业审计人员应具备计算机知识，掌握数据处理和管理技术。不仅要掌握审计软件的操作方法，还应当根据审计过程中所出现的各种问题及时编写出各种测试、审计程序模块。
但是，我国目前的审计人员总体水平远未达到这一程度，原因在于审计人员队伍老化比较严重，大部分审计人员虽然有丰富的财会审计知识经验，但由于诸多原因，他们没有机会接触计算机，而目前注册会计师考试及职业后续教育中也未涉及计算机知识。还有审计人员在运用计算机软件完成难度较大的实质性审计程序时，需专业计算机技术人员的协助，这又造成审计人员独立性减弱。
审计方法还停留在绕过计算机审计阶段电算化系统的审计有3个阶段，即绕过计算机审计阶段、通过计算机审计阶段和利用计算机审计阶段。我国电算化审计还比较落后，仍停留在绕过计算机审计阶段，即审计人员不审查机内程序和文件，只审查输入的数据和打印输出的资料，而不对计算机程序处理过程进行审计，所以造成审计不彻底，具有片面性。
