企业达到清算标准后，即售房到85％或取得销（预）售许可证满3年时，一般仍会有大笔工程款还未结算完，要等1年左右甚至更长时间才能结算完毕。土地增值税清算在确定成本时按照实际发生扣除，而税务机关受技术、手段等客观因素制约，目前只能以票据作为扣除依据，因此造成当项目合同已执行，但款项未结、票据未开时，税务机关很难要求企业进行清算，如果强行清算，会造成很大的征纳矛盾。
笔者建议，从以下几方面完善相关政策，进一步加强土地增值税精细化管理。
一是转变征管方法，对开发项目成本实行动态跟踪监控。由于房地产项目差异很大，对于住宅以外的商业、别墅等类型项目，税务机关很难对其四项成本扣除制定出核定标准。因此，应从征管上入手，转变现有的征管思路，从企业项目开始建设时就对项目进行监控，可以按项目土地规整、主体结构建设、内部装修等不同阶段要求企业进行成本备案，形成项目成本系统档案，作为税务机关审核企业清算报告时的对比判定依据。另外，应加大对企业财务人员的培训辅导力度，在项目立项初期，结合土地增值税的清算要求对企业财务记账方式进行规范，并定期检查，从而减少在清算阶段审核项目四项成本扣除的难度。
二是细化住宅类项目四项成本扣除标准，增强可操作性。在北京市地税局文件规定的两档住宅类四项成本扣除标准的基础上，结合项目规模、企业使用建筑安装材料等因素按照高、中、低档类住宅再进行细化，并形成逐年调整机制。
三是进一步明确清算审核中相关政策。对于普通住宅判定问题，建议有关部门应明确判定时间为以企业售房率达到85％的时点进行判定，这样规定一方面便于税务机关进行操作，另一方面又在最大程度上使企业可以享受建造普通住宅的相关优惠政策，保障企业的合法利益。
对于企业已达到清算要求但因部分工程款票据未结清无法进行清算的问题，目前税务机关可以适当放宽以票据为依据的审核制度，按照以企业实际发生费用为扣除依据的思路，对于未取得票据的部分成本可以采用企业进行书面承诺、税务人员到相关单位进行调查以及清算完成后对企业进行稽查、检查的征管方式，在清算时先进行确认，以保证企业及时进行项目清算。
