1．公司治理机制不完善。从我国目前的实际情况看，大多数企业的内部审计机构或隶属于财务部门，或与纪检、监察部门合在一起，仅有极少数上市公司的内部审计隶属于审计委员会。而且，我国原有的审计制度规定，内部审计机构在对被审计单位进行审计时，若发现有重大问题，可向被审计单位的上级内部审计机构反映，长此以往，就造成了内部审计机制发育不良，且导致多数内部审计最终还是偏向与其利益有关的一方，失去或难以保持其应有的独立性和客观性。
2．内部审计工作现状制约了内部审计的独立性。首先，内部审计定位不准。长期以来，内部审计既要站在政府的立场上对国家财产的保值增值实施监督，又要站在企业的立场上对内部各职能部门和下属单位的财务收支及经济活动进行监督。随着市场经济的完善和现代企业制度的确立，政府职能已发生根本性的转变，但内部审计的模式未有大的改变，内部审计在实际工作中仍没有找到准确定位。其次，内部审计法律制度不健全。目前我国关于内部审计的规范性文件只有审计署颁发的《审计署关于内部审计工作的规定》，并未上升到法律的高度，导致内部审计与国家审计、民间审计在工作地位上的差异，使得内部审计机构和人员得不到应有的重视。同时,内部审计没有具体可操作的行业规章制度，审计人员面对具体问题也无章可守。最后，多数内部审计人员是由财会部门或其他部门人员兼任，缺乏必要的审计专业知识和技能，使内部审计工作质量不尽如人意。
3．企业环境对内部审计的独立性产生的影响。部分企业领导人片面地认为内部审计就是检查内部经济问题，势必分散管理人员的精力，影响企业内部的团结和稳定；或是认为内部审计制约了自己的经营权，削弱了自己的权威。并且，内部审计人员切身利益直接受所在单位控制，对内审人员的人事调派权、工资管理权、奖惩权等由所在单位掌握，使得内审人员执纪执法的程度直接受单位领导的影响和制约，造成内部审计机构形同虚设，内审人员无职无权，内部审计的独立性也就只能取决于单位领导的认识水平和廉洁自律程度。
（二）提高我国内部审计独立性的措施和建议
1．完善公司治理结构，建立起与现代企业制度相适应的内部审计模式。目前，在国际上，内部审计机构的隶属关系大体上可分为四种类型：第一，受本单位董事会或董事会所设的审计委员会的直接领导，内部审计人员不受企业经营管理部门的约束；第二，受本单位最高管理者，如厂长、总经理的直接领导；第三，受本单位主计长（或总审计师、总稽核师）的领导；第四，受董事会审计委员会及主计长双重领导。内部审计机构直属领导的层次越高，其独立性越强，权威性越高，工作也就越容易开展。因此，笔者认为，董事会领导模式应是现代企业中内部审计机构模式的最佳选择。
2．加强内部审计的法制建设，提高内部审计工作地位。尽快制定内部审计的法规和条例，用法律形式明确内审人员的法律责任和权利及内审机构的地位、结构、层次，制定相应的实施细则和行业、部门内审规章制度，使内部审计纳入法制化轨道，保障内部审计的独立性。
3．提高内部审计人员素质，加强内部审计队伍建设。一是制定内部审计人员职业道德准则，加强内部审计人员的职业道德教育和政策法规学习，提高其道德修养和政策水平；二是加强内部审计人员的后续教育，除了财务会计和审计知识以外，还要熟知经济、法律、金融、外贸、税收、统计、基建、企业管理及计算机等相关知识，不断更新知识结构，加强业务能力；三是定期轮换内部审计人员，避免因长期审计同一单位而导致客观性的损害。此外，还可以借助外部审计结论及注册会计师对内部审计的评价来考核内部审计人员的工作业绩。
4．“以为争位”，增强内部审计的独立性。一是加强审计目的的务实性。内部审计要抓住单位或企业经济活动、经营发展中的关键环节，突出审计重点，使内部审计能够在企业经济活动中起到保驾护航作用，为经济发展铺路搭桥。二是规范审计过程。要建立规范的内部审计程序，切实做到依法审计，按照国家法规、企业制度的要求开展审计业务。三是突出审计结果的实效性。通过绩效审计规避经营风险、促进经营发展，提高内部审计有效性。
5．处理好以下几个关系：一是上与下的关系，即内审机构与领导者及整个领导层的关系。内审机构领导关系确定后，内审部门要积极主动地接受领导，征求领导者意见，及时汇报工作情况，提出合理化建议，为领导者决策服务。同时，还要注意处理好同其他非分管领导者的关系，赢得整个领导层的支持，为审计工作创造一个和谐的内部环境。二是内与外的关系，即内审部门与政府审计机关、行业管理协会的关系。《审计署关于内部审计工作的规定》明确：“内部审计机构应当接受审计机关的业务指导和监督”，这就明确了内审机构与国家审计机关的关系。同时，内审机构还要主动接受行业协会的管理。三是分与合的关系，即内审部门在保持独立性的基础上，注意处理好同平行部门、下级单位，特别是被审单位的关系，努力取得支持和配合。只有这样，才能保证内审工作的顺利开展，保证内审工作的良好效果。
