目前，注册会计师的执业质量与社会需求还存在不小的差距，还存在诸多亟待解决的注册会计师行业自律问题。
（一）行业内外部环境存在的问题
1.部分中介机构缺乏诚信意识、风险意识、道德意识、品牌意识、经营行为意识。大部分事务所追求正当的社会效益与经济效益，但个别所存在不惜采取吃回扣、付佣金、分成等手段拉拢客户等不良现象；或者降低收费标准来引诱拉垄客户，导致低成本，低收入、低效益，随心所欲降低审计质量，此类无序竞争行为严重破坏了社会审计环境，已受到行政、行业主管部门的高度重视。
2.独立出具审计的环境尚未建立。中介机构作为独立的第三方，接受委托人进行独立、客观、公正的鉴证和咨询业务。目前我国现代企业制度尚未健全，投资者所有权与法人经营权不分，对审计要求各有侧重，容易产生内部失控的问题。虚假会计信息屡禁不止，企业内部控制形同虚设，审计风险居高不下。在这种情况下，中介机构出具审计报告，在很多情况下不是满足公众需要，而是顺应企业经营者的需要向有关部门提供保留意见审计报告。
3.企业会计信息质量低下，影响注册会计师执业操作。目前中小私营企业多数并未设立会计机构，没有传票、会计账簿、会计报表。在委托会计师事务所审计时，因会计资料不完整，数据填制不全，事务所只好拒绝委托；有的事务所受托后，注册会计师按经营管理者的意图，出具保留意见审计报告，回避问题拒绝披露，降低了审计质量，加大了审计风险。
4.外部力量干预注册会计师独立审计准则。一些政府部门或垄断行业利用自己的职能地位，以书面、口头文件下达、指定会计师事务所办理某项验资业务。还有少数部门利用职权指定某事务所承办审计或验资风险业务；更有甚者专业性风险大的单位对审计使用披露问题不好使，影响企业信誉卡年检企业定级通不过不认同的问题。
5.会计师事务所宏观调控失利。县级所在地分割小所，使得七拼八凑不具备资质所由行政予以审批而设立。另立门户者进入市场竞争，肢解削弱了原有所的规模，降低了业务素质、执业质量，在收费标准制定上采取不正当手段进行同业竞争。
6.行政审批所政策不稳定，变化频繁。2006年长岭所是吉林正泰一个分所，5月份改制建立独立合伙会计师事务所，要求合伙人执业年龄条件不得超过60岁，必须具备五名注册会计师。一年后行政审批所政策放宽，前后仅半年多时间建所要求条件变化就非常大。
7.事务所业务素质参差导致风险抵御能力差，社会信誉低。如长岭中诚信联合所2008年5月审计国企粮食8户，根据审计风险程度提出了审计不到位的保留意见，结果使用单位金融部门认为这种披露对国企贷款年检，影响企业定级，受托所对此审计报告改一句话就可以，所主任会计师坚持既出报告不能反悔正确的审计意见。所认可受损搭工时成本费用，向7户返回审计费1.4万元，撤回工作底稿，这个问题，在所内外部社会产生了强烈的反响。按照法规规定已签订委托业务约定书，已经出具了合乎法律程序的审计报告，此报告合法、合规、合乎中国注册会计师独立审计准则，此报告使用者用不用我们不管，既然委托我们所出具了合法合规的审计报告，合法收入是应得的，违约业务约定是委托方，此款不能退是合理的。
8.会计中介市场一直处于管理混乱状态。1999年会计师事务所脱钩改制后，行政、行业管理只重视组建审批工作程序，而忽视组建后日常业务的管理和指导，对监督、检查、指导服务，解决所出现的问题做得不足，所内外部存在的问题及行业执业环境问题，一直存在始终没有解决顽症的问题。2007年5月份，正处于国企粮食贷款卡年检审计时，某事务所一名非职业无资质走出去另立门户，于工商局办理会计服务所营业执照。为了承揽依法职业代理业务，其招揽市级一家会计师事务所设立办公地址挂牌执业，又会同有关企业暗示个别粮库会计到不合规的所进行审计，并出了多份审计报告，后被工商局发现查处已停止在我县区域内执业。
（二）行政行业自律监管不到位问题
1.行业法规建设严重滞后。《注册会计师法》从1998年开始酝酿修订，一直至十年后的今天，还没有修正出台。目前颁布的各项新准则、法规、制度，与《注册会计师法》的行政监管职能很不相适应，行业自律监管界定没有法律依据。在当前的管理模式及法律法规框架下，行政监管注协职能管理力度受到很大的限制。期盼修订的《注册会计师法》尽快出台，为会计师事务所和注册会计师依法执业创造良好的工作环境和社会环境。
2.多头监管，重复检查。在行业自律检查过程中，财政、工商，税务等其他部门的检查，其中不乏曲解政策，提出意见不统一，对检查的问题定性太笼统，有的检查形成的文字材料，缺乏问题指导直观性，使注册会计师自律整改难于执行。还有一些检查部门不能正确理解《独立审计准则》的内涵，对注册会计师职业特点把握性不确切，不能很好地辨别会计与审计责任，阻碍了注册会计师执业质量的提高。
3.行业协会监管力量不足，内部编制少。到检查时抽调其他人员或会计师事务所专业人员，由于检查人员不固定，检查期间保证不了时间；质量、业务素质又参差不齐，很难达到检查的预期效果。
