2008年12月10日，国家税务总局发布《关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法[试行]〉的通知》（国税发[2008]116号，以下简称《办法》）。虽然《办法》篇幅很简短，只有20个条文，但对研究开发费用的扣除主体、范围、程序等纳税人关心的基本问题都予以明确。另外，由于《办法》从2008年1月1日起执行，因此所有符合条件的企业都可以在2008年度企业所得税汇算清缴期间将优惠落实。对相关利益主体特别是纳税人而言需要特别重视以下关键点。
一、研发费用扣除以专账管理为前提
《办法》只适用于财务核算健全并能准确归集研发费用的居民企业，这就意味着非居民企业以及实行核定征收的居民企业被挡在了加计扣除优惠的大门之外。对大多数纳税人而言，欲求享受优惠，至少需要实行查账征收，建立健全财务会计核算制度，设置“研发支出”等账户对研发费用进行正确的归集和分配。
《办法》同时要求企业填写附表所规定的费用项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研发费用的实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时，向主管税务机关报送《办法》规定的相应资料。如果企业申报的研发费用不真实或者资料不齐全，不得享受加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
笔者建议，纳税人应按照研发项目或承担研发任务的单位，设立台账归集核算研发费用，这样既可以满足会计核算的细化要求，也可以满足税务计算检查的要求。实际工作中，税务机关已经?取消了对技术开发费加计扣除的事前审批，但是在事后监督检查时税务机关仍要求享受技术开发加计扣除政策的纳税人必须账证健全，并能从不同科目中准确归集技术开发费用的实际发生额，这就必须借助准确详细的台账记录。同时，《办法》还要求纳税人在一个纳税年度内进行多个研发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研发费用额。
二、研发活动只针对自然科学
《办法》中所指的研发活动只适用于自然科学，即企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品(服务)而持续进行的具有明确目标的研究开发活动。不包括人文社会科学需要。具体来讲，《办法》规定能够享受加计扣除优惠的研发活动只限于企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南(2007年度)》规定项目的研发活动。这实际上为研发费用的税前扣除设置了产业门槛。比如，北京著名的洗浴服务企业清华池，最近若干年在研究修脚技术方面投入了大量人力、物力和财力，但是囿于其从事的产业领域，这些修脚技术的研究开发费用很难享受税收优惠。
纳税人在一个纳税年度中实际发生的、符合规定项目的、允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除的费用支出，《办法》明确规定了8条。需注意的是，企业依法取得知识产权后,在境内外发生的一些知识产权维护费、诉讼费、代理费、“打假”及其他相关费用支出不在上述研发费用之列，只能作为一般管理费用，不能享受加计扣除的所得税优惠。
三、合作开发和委托开发的特殊要求
《办法》规定，对企业共同合作开发的项目，凡符合条件的，由合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定计算加计扣除。实际工作中，可以以合作开发合同为基础，设计原?始凭证分割单进行操作。对企业委托给外单位进行开发的研发费用，凡符合条件的，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不得再进行加计扣除。为了便于事后确定委托方研发费用的构成，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，如果委托并未取得该明细情况清单等文档资料，其开发项目的费用支出也不得实行加计扣除。
