第一，股权激励模式单一。我国股权激励模式主要集中在股票期权模式。该模式很大程度上依赖公司股价变动，可能使得公司高管更多地关心公司股票的价格变化，诱使其通过激进的会计政策抬高股价。
第二，股权激励对象的资格规定不一致。《上市公司股权激励管理办法》中允许监事成为股权激励对象，而2008年公布的《股权激励有关事项备忘录2号》中则明确规定上市公司监事不能成为股权激励对象，因为监事负有审核股票激励计划内容的职责，如果监事本身成为股权激励对象，将很难充分发挥其审核股权激励的作用。
第三，股权激励行权指标过低。目前公布的激励方案基本上是以经营业绩为行权条件，但有些上市公司行权条件设置过低，激励计划有变相福利计划的嫌疑。
第四，股权激励个人所得税征缴点存在不合理现象。国家税务总局2009年9月2日下发了《关于股权激励有关个人所得税问题的通知》，明确了股权激励个人应纳税所得额的计算方式，但对股票期权个人所得税征收时点采取了原先的以行权日为计征点。由于股权激励计划中明确规定了股票期权的禁售期，因此在股票期权行权日，激励对象不能出售购入的股票，但却必须立即交纳个人所得税，给其造成了较大的财务负担，不利于股权激励的实施。此外，由于二级市场股价的不稳定性，激励对象出售日的股价可能远远低于行权日的股价，行使股票期权不能为激励对象带来任何收益。
第五，股权激励计划的实施缺乏相关约束。股权激励计划内部约束是建立在法人治理结构的基础上的，通过董事会或股东大会对高管的任免权进行监督约束，通过监事会检查公司日常经营活动实现监督。有些上市公司的内部治理结构比较混乱，所有权缺位导致产权制度混乱，使得上市公司对股权激励计划的内部约束形同虚设，而二级市场的中小投资者一般也不会关心公司股权激励计划，更不会对其进行监督。
（二）完善我国上市公司股权激励的对策
1.加强我国资本市场和经理人市场的建设
建立健全我国资本市场，应完善其结构，拓宽资金进入股市的渠道，加快培育机构投资者。加强资本市场建全最重要的是要加强信息披露，充分保障广大投资者，尤其是中小投资者的知情权。为此，还应努力做到以下两点：一是完善市场信息传导机制，加大信息披露的透明度；二是减少行政部门对股市的过多干预，充分发挥市场的调解、约束和制衡机制作用。经理人市场实际上就是市场经济下的人力资本市场，在当前专业化、高素质的职业经理人供给不足的情况下，如果不能形成有效的经理人市场竞争机制，将不足以构成对现有高管人员的外部压力。经理人市场的建设需要建立一个对经理人进行有效评价和监督的市场，以提高经理人的职业道德和行业操守。
2.完善公司治理结构，加大信息披露
完善的公司治理结构与股权激励两者相互促进，股权激励有利于优化公司的治理结构，通过优化所有者的控制与监督、改善董事会结构、加强监事会的独立性，也会达到强化股权激励的效果。同时，规范的信息披露，合规的外部审计和评估，监管部门的监督检查等也会加大股权激励的透明度，规避相关人员的操纵。
3.完善评价指标，形成科学的绩效考评体系
科学的业绩评价指标将为股权激励机制的实施提供有效度量的尺度。对于不同的激励对象，应制定相应合适的考核指标。净资产收益率作为股票激励实施的一项考核指标，可以有效抑制企业过度融资与盲目扩张冲动，更能真实反映管理团队的经营状况。一般情况下，如果仅以净利润增长为获得激励股票的标准，上市公司会存在过度融资的动机，但如果引入净资产收益率指标，这种动机就会受到抑制。
4.完善股权激励相关政策法规
法律法规体系是股权激励的外部影响因素，完善的法律法规体系有利于股权激励的良性发展。股权激励不是“免费午餐”，应该建立在严格的政策规范指导和监督约束之下。虽然我国已颁布了几部法规，但具体、可操作的配套政策并未跟上。同时应切实加强监督管理。再科学再合理的计划都可能由于执行中的监督不力而失败，因此有必要为股权激励的实施建立一套严格而且切实可行的内外部监管机制。同时，应加大对股权激励违规违法、投机取巧行为的处罚力度，使股权激励在公开、透明的基础上接受有效的、全方位的监督。
